《表1 鲑鳟代表性群体多态性SNP位点数目和比例Tab.1 Number and percentage of polymorphic SNPs in representative Salmonid p
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注:分型位点数=在本列对应样本中符合CR>97%质控标准的位点数目；分型位点比例=分型位点数/57，501；多态位点数=在本列对应样本中符合CR>97%质控标准，且存在2种及以上基因型的位点数目；多态位点比例=多态位点数/分型位点数Note:Number of genotyped SNPs=number of SNPs which p
图1以韦恩图的形式展示了4个鲑鳟群体间多态性SNP位点的分布，包括群体间共享的和群体特异性的多态位点，其中，4个群体共享的多态性位点有89个。为了避免基因组内紧密连锁的位点同时入选，在32尾鲑鳟个体中对共享多态性位点进行LD检验，剔除R2值高于0.3的位点4个。根据共享多态性位点侧翼序列设计Fluidigm分型探针，进一步剔除探针设计失败位点6个，获得用于构建鲑鳟通用SNP芯片的共享多态性位点79个。由于位点数目不足96个，从山女鳟、美洲红点鲑和白斑红点鲑3个群体共享的448个多态性位点中选取补充位点17个，选择标准为:经LD检验，与已入选位点间R2值低于0.3，并能够成功设计分型探针。96个入选位点的侧翼序列及基因组定位信息见表1。最终入选的芯片位点中，编号OS-79及以前的位点，为4群体共享多态位点，编号OS-80及以后的位点，为3群体共享多态位点。
| 图表编号 | XD0034463800 严禁用于非法目的 |
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| 绘制时间 | 2019.02.01 |
| 作者 | 邰如玉、许建、江炎亮、张瀚元、白庆利、杨世勇、徐鹏、赵紫霞 |
| 绘制单位 | 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心、中国水产科学研究院农业农村部水生动物基因组学重点实验室渔业生物技术北京市重点实验室、中国水产科学研究院农业农村部水生动物基因组学重点实验室渔业生物技术北京市重点实验室、中国水产科学研究院农业农村部水生动物基因组学重点实验室渔业生物技术北京市重点实验室、中国水产科学研究院农业农村部水生动物基因组学重点实验室渔业生物技术北京市重点实验室、中国水产科学研究院黑龙江水产研究所、四川农业大学动物科技学院、中国水产科学研究院农业农村部水生动物基因组学重点实验室渔业生物技术北 |
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