《表3 rpoC1基因正选择和负选择位点》

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《蕨类植物rpoC1内含子缺失及其分子进化速率》

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用HyPhy软件Rate Het参数下密码子MG94×HKY85×3＿4×2＿Rates模型进行正选择位点和负选择位点筛选。在贝叶斯因子大于20的条件下，筛选出正选择位点3个，负选择位点541个（表3）。3个正选择位点的贝叶斯因子均在35–50之间（图2A）；541个负选择位点的贝叶斯因子最大超过2.4×1012（图2B），说明筛选出来的位点均受到了较强的选择作用。结合64种蕨类植物ω值，发现除大囊岩蕨（Woodsia macrochlaena）、Schizaea elegans、尖裂荚果蕨（Matteuccia struthiopteris）和毛柄双盖蕨（Diplazium dilatatum）外，其余蕨类植物ω值均小于0.5。因此，相较于正选择作用，rpoC1基因所受到的负选择压力更大。由此表明，RPOC1蛋白在长期的进化过程中比较保守。