《表1“位点特异性”模型下5种禾本科植物ITPK同源基因簇的选择压力分析》

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《禾本科植物ITPK基因的进化分析》

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在本研究中，首先比较M0和M3模型估算每个氨基酸位点的ω值，从而判断同源基因在进化过程中是否存在不同的选择压力。结果发现，6个同源基因簇在M0模型下ω的最小估计值为0.0544，最大的为0.2988，均小于1，表明6个禾本科植物的ITPK同源基因簇的主要效应为纯化选择。然而基于M3/M0的似然比测验发现达到了显著水平，表明不同氨基酸位点存在选择压力的差异。为分析正选择效应是否在每一同源基因簇进化中具有重要作用，本研究采用M8/M7模型进行了分析，若似然比测验达到显著水平，并且M8模型下的ω的估计值大于1，则认为该同源基因簇经历了正选择作用。在禾本科植物的6个ITPK同源基因簇中，只有OGC4具有正选择作用。采用贝叶斯经验贝叶斯（Bayes Empirical Bayes）方法鉴定了经历正选择作用的氨基酸位点，并发现13个氨基酸位点具有50%以上的后验概率经历了正选择作用，其中有2个具有95%以上的后验概率。