《表3 信号选择筛选基因的GO注释》

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《阿尔巴斯绒山羊产绒量性状相关基因挖掘的研究》

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为了在家养动物中检测与选择相关的基因组区域，已经发展了几种统计方法，如overall low heterozygosity，genetic diversity patterns，haplotype homozygosity和integrated haplotype score（|iHS|）[11-15]。在该研究中，为了检测假定的选择位点，笔者首先计算了常染色体上滑动的100 kb窗口中的混合杂合性及其Z转换，即Z(Fst）。进一步将各组Z(Fst）评分前5名和Fst评分交集作为两组间的差异基因组区域。通过分析高产绒和低产绒群体的比对结果，18个染色体中32个基因区域筛选出43个基因（见图1），通过过滤掉的突变基因间区域、非编码区域、内含子和同义SNV，发现从18 211个突变位点中选出464个位点处于编码区或基因上、下游调控区，包括29个基因（见表3）。参考基因组注释以及基因功能表明，其中的5个基因（YY1、FBXL3、CUL1、EZH2、CHURC1）可能是羊绒产量候选基因，这5个基因参与昼夜节律、Wnt/β-catenin信号通路、转化生长因子β（TGF-β）信号通路、表皮细胞分化等信号通路。