《表3 球蛋白基因的选择压力检测》

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《杜兰落花生球蛋白基因家族的生物信息学分析》

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为提高鉴定球蛋白基因选择压力的准确度，移除覆盖度小于60%和序列相似性低于30%的球蛋白序列，共得到5个物种的35条球蛋白序列，并构建系统进化树（图4）。根据所构建的系统进化树，将包括2个及2个以上Ad ARA基因的进化枝标记为前景枝，分别命名为B1和B2（图4），剩余分枝则作为背景枝。采用软件PAML的codeml程序，以分枝模型的二比率模型（two-ratio model）和分枝位点模型的Model A进行分析，似然比检验分别为单比率模型（one-ratio model）和分枝位点模型的Model A1。结果表明，基于二比率模型运算的B1和B2进化枝ω1值分别为0.311和0.484，两者在进化过程中较为保守，都经历纯化选择，但均高于背景枝的ω0值，其中B2似然比检验表明二比率模型显著优于单比率模型，支持了B2进化枝ω值显著高于背景枝，说明B2进化枝具有较快的进化速率，而B1进化枝具有与背景枝相同的进化速率（表3）。分枝模型针对分析的是不同进化枝进化速率，而分枝位点模型分析对象则是不同进化枝的各个密码子位点进化速率。基于分枝位点模型的Model A分析表明（表3），B1进化枝上存在4个正选择位点，分别为4R*、205S*、297D**、310G*，似然比检验表明Model A1显著优于Model A，说明这4个氨基酸位点经历了适应性进化，其中205S、297D、310G位于cupin＿1结构域内。同样分析表明B2进化枝上未发现正选择位点。