《表3 7个蔷薇科物种HPL基因特殊位点的正选择检验》

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《7个蔷薇科物种HPL基因家族的鉴定和特性分析》

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注：a.N为节点中的基因数；b.通过M0模型获得的极大似然估计值；c.M3和M0/M8和M7的似然比；*表示卡方测验p<0.05，**表示p<0.01；d.M8模型下的极大似然估计值（ω）和正选择位点百分数（p1)；p和q为分布系数；e.基于M8模型，后验概率>0.50位于正选择作用位点的氨基酸数目。

首先通过M3模型对M0模型来检测每组密码子替换位点的选择压力变异情况，然后通过M7模型和M8模型检验正选择作用。若得到的结果满足：（1)M7模型和M8模型的似然比测验结果基本符合χ2分布。（2)M8模型下计算出的ω值大于1。（3）通过贝叶斯分析法估计存在正选择作用位点，就能确定该位点的正选择作用显著。通过HPL系统进化树分析，将HPL分为9个节点即Node（图4，表3）在所有被检验的9个节点中，除了5、6节点外均满足以上3个条件，说明HPL基因正在经历正选择作用。根据M8和M7的似然比，2、3和8节点有95%以上的概率经历正选择作用，1和9节点有99%以上的概率经历正选择作用。