《表2 过滤前后碱基信息及比对分析统计表》

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《黄芪多糖对C3H10T1/2细胞棕色脂肪分化中长链非编码RNA表达谱的影响》

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注：Clean data（bp）为下机后经过初步过滤的reads碱基总数；HQ clean data（bp）为clean data经过进一步过滤后得到的reads碱基总数；Q30（%）为测序准确率为99.9%的碱基数目及百分比；N（%）为N碱基的数目及百分比；GC（%）为GC碱基数目及百分比

从Illumina Hi SeqTM4000平台的每个文本库中平均产生了15 177 607 700个清洁数据，在去除不符合的碱基比例和低质量的reads后，从每个库中平均获得了14 831 667 631个高质量的reads。其中，测序准确率为99.9%的碱基数目占比可以达到95.19%～96.34%（表2）。在去除比对上的核糖体reads后，将其比对到小鼠的参考基因组上，有87.76%～90.65%的reads被成功定位到小鼠的参考基因组上（表2）。使用Cufflinks根据比对结果来重构转录本，共得到了13 450个lncRNAs和57 776个m RNAs。使用CPC、CNCI及蛋白数据库Swiss Prot等工具评估新转录本的蛋白质编码潜力，并取结果相交项作为最终结果，我们预测出了586个新lncRNAs转录本（图1a）。