《表2 样品比对信息统计》

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《180日龄文昌鸡和隐性白羽克洛鸡基因结构及SNP分析》

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注:Total Reads:总reads数；Total BasePairs:总碱基对数；Total Mapped Reads:比对多参考基因组上总的reads数；Perfect match:完美匹配到参考基因组上的碱基数；<=5bp mismatch:<=5bp的错配碱基数；Unique matc唯一比对上的碱基数；Multi-position match:多个位点比对上的碱基数:Tot

对测序所得数据进行质控，分析各样品的碱基组成和碱基质量，结果显示每个测序样品的碱基组成中，A与T的曲线基本重合，G与C的曲线也基本重合，说明测序样品的碱基组成是平衡的。每个样品测序所得reads的碱基的质量分数基本都在Q20（碱基正确识别率为99%）以上。这些充分表明我们的测序结果是可靠的，测序所得数据可以进行下一步分析。过滤低质量数据后，WC-D180-B2、WC-D180-B3、WRR-D180-B-2、WRR-D180-B-5四个样品分别获得分别为23 644 072、24 164 920、23 458 948和23 316 692条clean reads；将各样品过滤后的数据与所选参考基因组的序列进行比对，比对率均大于60%，高质量匹配都在40%以上，多个位点配对均小于2%。具体见表2。