《表1 过滤后碱基信息统计》

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《美洲狼尾草Survey测序及其gSSR分子标记的开发应用》

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本研究构建了二倍体美洲狼尾草的测序文库，总共产生了35.43 GB的原始数据，大约是预估基因组大小的18倍。过滤后，得到28.86 GB clean data，其中Q20为98.83%，Q30为96.25%（表1）。所有的clean data被用于K-mer分析。基于K-mer（K=17）进行频谱分析（图1），K-mer的数目为25 713 193 697，深度分布的峰值为13.01。在得到的K-mer曲线中可以看到只有一个主峰，说明该个体是二倍体。通过数据分析估计得出美洲狼尾草的基因组大小为1.98 GB，并且用1.8倍的K-mer数主峰的K-mer数的百分比来估计重复率，估计重复序列比率为73.75%（图1）。另外，根据K-mer曲线分布计算出杂合度为1.18%（图1），相比同属的象草（1.01%）高（Yan et al.，2016），相对高于自交系植物高，这可能与该物种部分自交不亲和机制有关（Wang et al.，2018）。