《表2 不同林分锥的MSAP条带类型和甲基化水平》

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《微生境对鼎湖山锥表观遗传变异的影响》

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同行数据后相同字母表示差异不显著（P>0.05）。

为保证选取片段的质量，每对引物在100～500 bp长度内选择25～30个片段，各对引物的位点数分别为E3-H/M2:26、E5-H/M2:34、E6-H/M1:26、E8-H/M1:27、E8-H/M5:29、E9-H/M2:34，共176个片段。用R语言包“msap”分析MSAP矩阵，分析6对引物的扩增片段多态性，依据对Eco RI-Hpa II和Eco RI-Msp I酶切后的表征片段有无的0，1数据表所构成的二进制数据矩阵，进一步统计甲基化敏感位点（MSL）和不敏感位点（NML）的数量、多态率、香浓多样性指数，并对两种位点的香农多样性指数进行Wilcoxon秩检验，比较表观遗传多样性的差异。结合选择性扩增条带的特征，将MSAP矩阵按照DNA甲基化模式进行分类，检测到4种条带类型（表2），其中类型IV不在本研究的范围，只研究未甲基化、全甲基化、半甲基化3种模式[16]。甲基化率的计算公式分别为：半甲基化率（%）=II型/（I型+II型+III型）；基化率（%）=III型/（I型+II型+III型）；总的甲基化率（%）=（II型+III型）/（I型+II型+III型）。统计3种类型扩增条带的数量，计算锥种群不同模式、不同林分的甲基化水平。利用GenALEX软件进行5种生境的ANOVA分析，并进行显著性检验。使用距离矩阵用Mega 6进行UPGMA聚类分析。所有显著性分析时先检验样本的正态性，当样本都服从正态分布时，运用独立样本t检验，样本不服从正态分布时，运用非参数Mann-Whitney U检验，显著性水平以P<0.05为标准。