《表5 MSAP甲基化模式类型》

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《入侵植物黄顶菊不同器官和不同发育阶段DNA表观遗传多样性变化特征》

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HpaⅡ和MspⅠ两种内切酶均可以识别真核生物中的甲基化位点，即5′-CCGG-3′位点，其中5′-CC-GG-3′位点能被内切酶切开记作1，不能被内切酶切开记作0，据此可以将MSAP甲基化模式分为4种类型（表5）。Ⅰ类型甲基化状态为未甲基化，记作（1，1）；Ⅱ类型甲基化状态为半甲基化，记作（1，0）；Ⅲ类型甲基化状态为全甲基化，记作（0，1）；Ⅳ类型甲基化状态信息不确定，记作（0，0）。