《表2 生物信息学在线程序及网址》

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《基于转录组测序黑老虎角鲨烯合酶基因克隆和生物信息学分析》


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将测序后得到的序列通过美国国立生物技术信息中心(NCBI)中的Blast对比同源序列,然后借助蛋白结构和功能预测工具对KcSQS编码蛋白的理化性质(ProtParam)、信号肽(SignalP 5.0 Server)、亚细胞定位(CELLO v.2.5)、跨膜结构(TMHMM Server v.2.0)、蛋白结构(PSIPRED,SWISS-MODEL)等进行综合生物信息学分析。氨基酸序列比对利用NCBI的蛋白质序列数据库进行,再通过MEGAX构建Neighbor-joining系统进化树(算法使用Bootstrap method,重复次数为1 000)。所用生物信息学在线程序见表2。