《表1 生物信息学所用软件、程序及相关网址》

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《山葡萄VaCBF3基因克隆及生物信息学分析》


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测序结果登录NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)进行BLAST序列比对,之后利用ExPASY、Swiss-Model等相关数据库及软件对VaCBF3基因进行生物信息学分析包括蛋白质理化性质、糖基化位点预测、蛋白二级结构及三级结构预测等。用Blast程序寻找相似性序列后,选择与其相似性高、不同植物的同一蛋白的氨基酸序列,用Clustax、MEGA5.2利用N-J法构建进化树,重复抽样1 000次分析系统树各分枝的置信度。具体分析内容、所用软件程序及相关网址见表1。