《表1 生物信息学分析在线程序及网址》

  提示：宽带有限、当前游客访问压缩模式

本系列图表出处文件名：随高清版一同展现

《荆芥1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆及生物信息学分析》

1. 获取 高清版本忘记账户？点击这里登录

1. 下载图表忘记账户？点击这里登录

将测序后得到的DXS基因序列通过美国国立生物技术信息中心（NCBI）中的Blast对比。利用拟南芥在线数据库TAIR-BLAST寻找拟南芥中的同源蛋白；使用NCBI中的Concserved Domain预测蛋白保守域及超家族；使用蛋白结构和功能预测软件对St DXS编码的蛋白的理化性质（Prot Param）、结构域（Inter Pro Scan）、信号肽（Signal P 4.1 Server）、亚细胞定位（Wo LF-PSORT II）、跨膜结构（Tmhmm Server v.2.0）、糖基化、磷酸化位点（Net NGlyc 1.0 Server、Net Phos 3.1Server）、蛋白亲疏水性（Prot Scale）、蛋白结构（Sopma，Swiss-Model）等进行综合生物信息学分析。使用DNAMAN软件进行氨基酸序列比对，使用MEME在线软件进行氨基酸保守基序分析，利用MEGA-X 10.0的邻接法构建系统发育树（Neighbor-Joining，NJ），最后使用Condo W和EMBOSS软件对该基因的密码子偏好性进行分析。所用生物信息学在线程序见表1。