《表1 生物信息学分析的在线工具及网址》

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《布渣叶糖基转移酶MpUGT1基因cDNA克隆及生物信息学和表达分析》


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采用在线工具ORF Finder找出目的基因开放阅读框并获得其编码的氨基酸序列,MpUGT1编码蛋白的理化性质由ExPASy的Protparam和Protscale预测,使用SOP-MA分析蛋白质序列的二级结构,利用InterProScan进行MpUGT1蛋白的保守结构域预测,通过SWISS-MODEL进行三维结构建模,使用SignalP 4.1server分析蛋白质信号肽,WOLFPSORT分析MpUGT1蛋白的亚细胞定位及使用TMHMM预测其跨膜区(吴亚运等,2017)。在NCBI的蛋白质序列数据库利用Protein BLAST搜索MpUGT1基因编码蛋白质的氨基酸序列的相似序列,将与MpUGT1蛋白质相似性比较高的其他植物的蛋白质序列和MpUGT1蛋白质一起,使用MEGA6软件构建系统进化树(赵乐等,2016,中草药,47 (17):3087-3093)(表1)。