《表2 酶切预测确定的酶切方案信息》

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《基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发》

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酶切效率是评价简化基因组试验是否成功的一个关键指标。测序reads插入片段中残留酶切位点的比例越高，酶切效率越好[17]。本试验中以猕猴桃为参考基因组进行电子酶切预测，选择Hae III酶对古茶树基因组进行酶切，将酶切片段长度264～314 bp的序列定义为“SLAF标签”，预测可得到237 773个SLAF标签（表2）。为进一步评估酶切方案的有效性与酶切效率，以日本晴水稻的测序数据为对照，利用SOAP软件[18]将对照的测序reads与其参考基因组进行比对（表3）。结果显示，双端比对效率（一条序列两端在参考基因组上的比对跨度介于50～1 000 bp的reads占总reads的比例）为91.40%，比对效率基本正常。本试验中对照数据的酶切效率为96.41%，表明酶切反应正常。91.40%的双端比对效率和96.41%的酶切效率表明SLAF建库正常。