《表2 本研究所用Cytb基因的序列途径》

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《松江鲈鱼线粒体Cytb基因分析及其在种质鉴定中的应用》

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将测得的Cytb基因片段序列用MEGA5.2软件中ClustalW方法进行比对，并辅以人工校正。从GenBank库中下载10种杜父鱼的线粒体Cytb基因序列，以鲈鱼Cytb基因序列作为外围群，序列信息见表2。取下载物种Cytb基因5‘端756bp基因序列用于后续分析。使用DNAspv.5 (Librado and Rozas 2009）软件计算变异位点，简约信息位点数。使用MEGA5 (Tamura et al，2011）计算所得单倍型的碱基组成、单倍型间的转换颠换频率比值。利用MEGA5基于JC模型（Jukes-cantor model，JC）计算遗传距离，并利用MEGA5中的邻接法（Neighbor-Joining）构建基于JC模型的进化树。利用MEGA5基于HKY+G模型（Hasgawa-Kishino-Yano model，Gamma Distributed）计算各种间的遗传距离，并利用MEGA5中的邻接法（Maximum likelihood）构建基于HKY+G模型的系统进化树，可靠性检验（Bootstrap）次数为1 000次。