《表1 测序数据质量情况汇总》

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《基于重测序番茄InDel标记的开发》

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通过对所获得测序数据的分析，并汇总了测序质量结果（表1）。本次测序共产生Raw data 69.3 G，过滤后的Clean data 68.86 G，各样本的Raw data在10 501.131～24 777.04 M之间，测序质量高（Q20≥97.19%，Q30≥93.42%），GC含量在35.71%～36.07%之间。以‘IL71’样品的测序过滤为例，结果表明Clean reads占比为99.30%，Containing N占比为0.02%，Low quality占比为0.00%，Adapter related占比为0.68%，过滤结果显示正常，可满足后续的数据进一步分析。以番茄参考基因组为准，参考基因组大小为823 944 041 bp，所有样本的比对率在98.77%～98.81%之间，对参考基因组（排除N区）的平均覆盖深度在11.18～25.22 X之间，1 X覆盖度（至少有一个碱基的覆盖）在98.75%以上。比对结果正常，可用于后续的变异检测及相关分析。‘M82’和‘IL71’重测序比对后，发现在12号染色体存在较多InDel位点，对位点提取后共有1 980个InDel位点差异，InDel序列的长度在1～29 bp均有分布，但主要以1～6 bp为主，对各位点设计引物后，目的条带大小均在80～200 bp之间。