《表2 测序数据产出质量情况》

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《基于苦荞全长转录组测序开发SSR标记及遗传多样性分析》

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自Sanger和Coulson（1975）发明“加减法”对DNA进行测序以来，核酸测序技术不断发展，出现了二代测序和三代测序技术，极大地促进了科学研究的发展。相比一代和二代测序技术，三代测序技术能直接对RNA进行测序，无需逆转录过程，因此测序速度极快（马丽娜等2019）；且第三代测序产生碱基读长更长，平均读长超过10 kb，最大读长可超过60 kb（Rhoads和Au 2015）；其获得的全长或接近全长的转录本使其在转录组学研究上占有极大优势，对可变剪切的鉴定、长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）的分析、新基因的发现等研究有重要意义（钟伟民等2018）。以三代测序技术在人类（Homo sapiens）基因组测序中的应用为例:Chaisson等（2015）利用三代测序手段对人类单倍体基因组进行从头组装，填充了参考基因组GRCH37的164个缺口（gap）中的50个，其中有39个包含高GC区的短串连重复序列，这些序列通常不能被二代测序检测到；另外此次测序还发现了26 079个常染色体结构变异，包括倒置、复杂插入和重复区域等。在植物领域，三代测序技术同样发挥着重要作用。Dong等（2015）利用三代测序技术对小麦（Triticum aestivum）基因组进行从头组装，共获得197 709个全长无污染片段，共鉴定出91 881条高质量全长无污染片段，这些片段代表22 768个独特的转录本，其中9 591个是新发现的；此次获得的数据有助于鉴定在颖果发育过程中差异调控的6 030个基因，以及72个转录的面筋蛋白基因成员的全长转录，对小麦食品质量的控制非常重要。