《表4 苦荞11对多态性引物及扩增信息》
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《基于苦荞全长转录组测序开发SSR标记及遗传多样性分析》
“*”表示不同等位基因对应的扩增位点;(CAA)5ttgcagcaggtatctggacttgc(ACA)10是复合型基序,其中(CAA)5和(ACA)10为重复序列,ttgcagcaggtatctggacttgc为间隔序列。
利用Primer 6.0对1 107个SSR位点进行引物设计,共有954个SSR位点成功设计了引物,经筛选合成132对引物;以3份苦荞种质(‘ZNQ195’、‘PI427240’和‘黑丰1号’)的基因组DNA为模板对其进行PCR扩增、筛选,结果显示,有109对引物能扩增出清晰的目标产物,有效扩增率为82.6%,说明利用苦荞‘黑丰1号’三代全长转录组高质量去冗余序列开发SSR标记是可行的。选择123份表型性状差异较大、来源地不同的苦荞种质对109对有效引物进行扩增和多态性评价,结果如表4所示:共筛选出11对扩增稳定多态性较好的引物,多态性比率为10.1%,平均每对引物产生3.09个等位基因;PIC在0.14~0.60之间,平均达0.40,其中有4个SSR引物PIC值高于0.5,说明它们在不同品种间存在丰富的遗传变异。
图表编号 | XD00181514300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.07.20 |
作者 | 杜伟、王东航、侯思宇、韩渊怀、李红英、刘龙龙、马名川、王俊珍、孙朝霞 |
绘制单位 | 山西农业大学农学院农业生物工程研究所、山西农业大学农学院农业生物工程研究所、山西农业大学农学院农业生物工程研究所、山西农业大学农学院农业生物工程研究所、山西农业大学农学院农业生物工程研究所、山西省农业科学院农作物品种资源研究所、山西省农业科学院农作物品种资源研究所、凉山州西昌农业科学研究所、山西农业大学农学院农业生物工程研究所 |
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