《表2 转录组拼接结果Tab.2 Assembly statistic of transcripts and unigenes》
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《基于转录组分析筛选凡纳滨对虾低温胁迫下的差异表达基因》
注:N50和N90分别为将拼接转录本按长度从长至短排序,累加转录本的长度,到不小于总长50%和90%的拼接转录本的长度.Note:N50 and N90 are the lengths of the spliced transcripts from long to short,and the length of the transcripts is increased to not less than the le
本研究对Illumina Hiseq 2500测序得到的原始数据进行拼接,结果如表2所示。拼接后共得到61098条转录本(Transcripts),其拼接长度范围在200~37499 bp,平均长度为1000 bp,N50为2043 bp,长度大于2000 bp的有8569条,约占全部Transcript的14%。同时得到50921条基因(unigenes),其拼接长度范围在200~37499 bp,平均长度为828 bp,N50为1589 bp,其中长度大于2000 bp的有5130条,约占总基因(unigene)的10%。拼接结果说明原始数据拼接质量较高,可用于后续功能注释和差异表达基因分析。
图表编号 | XD0048819100 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.01.01 |
作者 | 董丽君、孟宪红、孔杰、罗坤、栾生、史晓丽 |
绘制单位 | 上海海洋大学水产与生命学院、青岛海洋科学与技术国家实验室,海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室、中国水产科学研究院黄海水产研究所,农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室、青岛海洋科学与技术国家实验室,海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室、中国水产科学研究院黄海水产研究所,农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室、青岛海洋科学与技术国家实验室,海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室、中国水产科学研究院黄海水产研究所,农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室、青岛海洋科学与技术国家实验室,海洋渔业科学与食物产出过程 |
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