《表4 活力指数关联位点候选基因》

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《水稻耐淹成苗率相关性状全基因组的关联分析》

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对200份材料的活力指数进行全基因组关联分析（图3）。左侧为曼哈顿图，图中水平的虚线表示显著性水平，当-lg10（P）值高于虚线时，认为该SNP与该性状显著关联；右侧为Q-Q图（Quantile-quantile plot），表示实际P值和无关联零假设期望P值的分布。Manhattan图与Q-Q图均表明在全基因组范围内存在与活力指数显著关联的位点。以-lg10（P）=6为阈值，共检测到了8个与活力指数显著关联的SNP位点（表3），分布在第1、2、5、6、10、11和12染色体上。依据LD衰减距离，对关联SNP位点上下游各100 kb区域进行了基因筛选，共筛选得到154个基因。依据基因组注释，筛选出6个与物质代谢、逆境胁迫相关的基因（表4）。