《表2 甲醇-氯仿沉淀方法中质谱鉴定出的S-棕榈酰化蛋白》

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《基于不同沉淀方法检测小鼠心脏组织中S-棕榈酰化蛋白》

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采用液相色谱-质谱联用技术得到样品中肽段的串联质谱数据，经MS-GF+数据处理软件在蛋白数据库中进行检索分析。本研究中的每种沉淀方法分别进行了3次生物学重复，再将3次重复实验得到的样品分别进行混合得到4种样品（丙酮沉淀±HA；甲醇-氯仿沉淀±HA），然后利用质谱技术分别对这4种样品进行分析，每种样品进行2次技术重复。本研究共鉴定出50种S-棕榈酰化蛋白（图4），基于丙酮沉淀的ABE方法共鉴定出23种S-棕榈酰化蛋白（表1），甲醇-氯仿沉淀方法共鉴定出37种S-棕榈酰化蛋白（表2），序号1~10为两种沉淀方法共同鉴定出的S-棕榈酰化蛋白。本研究中有14种棕榈酰化蛋白未在其它棕榈酰化蛋白质组研究中发现。表2中，E值代表蛋白质鉴定可信度，本研究中筛选条件为E<0.05。棕榈酰化蛋白质组一列表示此蛋白已在棕榈酰化蛋白质组研究中发现的次数（SwissPalm数据库）。根据细胞区室划分，所鉴定出的S-棕榈酰化蛋白主要为胞内蛋白，其次为细胞器组分（图5）。此外，根据分子功能划分可以发现具有催化活性的蛋白数量最多，占所鉴定总蛋白的50%（图6）。同时，不同沉淀方法对-HA对照组也具有一定影响，在丙酮沉淀中-HA对照组有17种蛋白，而甲醇-氯仿中仅有4种蛋白。