《表1 甜叶菊中SSR位点的分布》

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《基于简化基因组的甜叶菊分子标记开发》

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4个甜叶菊品系经过测序分别获得了1.97G～2.60Gb的简化基因组序列，经过组装获得了612904条序列，N50为432，序列的平均长度为365 bp。通过MISA软件对组装后的甜叶菊基因组序列进行SSR位点检索，从15710条序列中鉴定出1985个SSR位点，其中1088条序列中包含大于一个SSR位点，其中还含有复合SSR位点的序列为886条（表1）。这些SSR位点按照重复单元的类型所占的比例，二核苷酸重复单元的SSR数量最多6564个（38.65%），其次为三核苷酸重复单元4736个（27.88%），二核苷酸重复次数集中在6次，三核苷酸重复集中在5次。进一步统计不同重复基元的分布，AT/AT是最多的重复基元占22%，其次是单核苷酸A/T占14.9%，再下来分别是ATC/ATG（10.7%）和AG/CT（9.3%）（图1）。通过检索并统计了简并基因组序列中1412267个SNP，平均每158 bp就有一个SNP位点。其中碱基转换（transition）占62.03%远高于碱基颠换（transversion） 37.97%，碱基转换中胞嘧啶（C）到胸腺嘧啶（T）这类型占的比例最高17.28%，而碱基颠换中鸟嘌呤（G）到胞嘧啶（C）占2.86%，是单核苷酸变异最少的类型（图2）。