《表1 割手密基因组中SSR位点分布特征》

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《基于甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列的微卫星位点鉴定和SSR标记开发》

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从割手密和甘蔗基因组序列中分别鉴定出6种重复单元类型的基序种类分别为1949和1062种，基序种类随重复单元核苷酸数的增加而增加，分别为4、12、60、231、662、980种和4、12、60、210、368、408种（表1和表2）。在2个基因组序列中，各重复单元组成的SSR数量上存在着较大差异，但均以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为主，分别占全部SSR位点的96.74%和96.19%。在2个基因组中，各重复单元优势基序类型随着重复单元增加，在所属重复单元SSR位点中所占的比例呈下降趋势，重复单元均以AT富集的基元为主。2个基因组序列中除三核苷酸重复单元中的优势基序为分别为AAG/CTT(14.24%）和CCG/CGG(21.18%）外，其余重复单元中的优势基序均相同，分别为A/T、AT/AT、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT、AGATAT/ATATCT（表1和表2）。2个基因组序列中微卫星位点重复单元重复次数分布分别为5～9127次和5～135次，但主要集中在5～15次，各重复单元数量均随重复次数的增加而降低，单核苷酸～六核苷酸单元主要重复次数分别为10、6、5、5、5、5（图1）。对鉴定出的微卫星位点进行引物设计发现，割手密和甘蔗基因组高质量参考序列中分别有472117和89 748个位点可以开发SSR标记。