《表3 基于KASP技术的SNP标记开发》

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《基于简化基因组的甜叶菊分子标记开发》

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注：带下划线的基因位点代表SNP标记。

通过检索获得1412267个SNP位点，由于KASP技术是二元差异的标记检测系统，为了提高SNP标记的开发的效率，在开发基于KASP的SNP标记时，进行了双重筛选，一方面是去除了单碱基的插入/缺失造成的单碱基变异；另一个方面是剔除SNP标记中带有多于二元差异的SNP位点，同时还考虑SNP标记在基因功能效应检测中的应用，尽可能选择在已注释的功能基因中发展标记。选择了16条含有SNP位点的序列，经过LGC公司KASP开发软件对引物序列选择开发了11对SNP引物，其中有6对引物（StKASPSNP-1，StKASPSNP-2，StKASPSNP-3，StKASPSNP-5，StKASPSNP-7，StKASPSNP-11）多态性比较好（表3）。其中，标记StKASPSNP-2和StKASPSNP-7（图3）在20份种质资源中的基因型分布相对均匀，其余的SNP标记还是有基因型的偏向。