《表1 利用焦磷酸测序技术研究不同物种的肠道微生物》

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《宏基因组学在哺乳动物肠道微生物中的应用》

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目前多采用宏基因组技术研究不同哺乳动物肠道菌群的结构（表1）。Tap等[13]研究发现，厚壁菌门和拟杆菌门是人类肠道中最丰富的菌群，构成了超过90%的人类肠道菌群。在人体粪便的微生物中粪杆菌、瘤胃球菌属、真杆菌属、多雷阿菌、拟杆菌属和双歧杆菌为属水平上的优势菌群；在猪、马等单胃动物胃肠道内，蛋白菌（Proteobacteria）、厚壁菌（Firmicutes）、拟杆菌（Bacteroidetes）为其门水平上的优势菌群[14-16]；在反刍动物中，成纤维细胞琥珀酸杆菌（Fibrobacter succinogenes）、白色瘤胃球菌（Ruminococcus albus）、黄色瘤胃球菌（Ruminococcus flavefaciens）、纤维弯曲菌（Butyrivibrio fibrisolvens）、普氏菌（Prevotella）是瘤胃内属水平上的优势菌群[17]。大量研究证实，肠道微生物的菌群结构和功能差异受到宿主的生理和环境因素（如宿主基因型、栖息地、饮食和年龄等）影响，其中饮食因素在肠道微生物定植方面起着至关重要的作用，此外，在宿主的整个消化道内均存在微生物，且不同的胃肠段微生物的组成存在差异。Tyakht等[18]通过对俄罗斯、美国、丹麦及中国人群的肠道菌群结构进行分析发现，不同地域的人群肠道菌群存在显著差异，其中俄罗斯人群肠道中拟杆菌属和普氏菌属的含量与其他国家人群相比较低，导致该现象的主要原因是其膳食模式长期不同。朱伟云等[19]通过对断奶前后仔猪的肠道微生物进行16SrRNA测序发现，断奶对仔猪肠道微生物菌群影响明显，断奶后仔猪食用日粮后其肠道微生物菌群发生改变。Mathew等[20]研究发现，仔猪的肠道微生物成分是动态且多样的，会随时间及肠段的变化而发生转变，哺乳仔猪肠道中乳酸杆菌的数量较断奶仔猪更高，而大肠杆菌数量则相反。