《表2 PCR引物与基因组比对结果》

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《鉴别紫芝菌株的PCR引物筛选及其序列比对验证》

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注：引物ISSR13短序列出现在Scaffold＿1上2个位点，引物S1326出现在Scaffold＿1上15个位点；S1506引物出现在Scaffold＿1上17个位点，出现在Scaffold＿60上5个位点。

将筛选得到5个引物短序列（标为*＿碱基数：S1506＿10、S132610、ISSR1-17、ISSR2＿17和ISSR13＿14）与紫芝S2的基因组序列进行Blast比对，结果发现：除ISSR1＿17外，其他4个引物都能比对上，均在基因组中不同Scaffold上的多个位点找到与引物相匹配的序列片段（表2）。在允许一个（单碱基）错配或空位情况下，在18条Scaffold上有31个片段（17 bp）与ISSR-PCR引物ISSR2＿17相匹配（Identity=93.75～94.12），同时在18条Scaffold上找到31个片段（14 bp）与ISSR13＿14（完全匹配Identity=100），在48条Scaffold上找到158个片段（10 bp）与S1326＿10匹配（Identity=100%），在47条Scaffold上找到172个片段（10 bp）与S1506＿10(Identity=100%）相匹配。如不允许错配或空位，则在5条Scaffold上有6个片段（14 bp）与引物ISSR13＿14完全匹配（Identity=100%），在48条Scaffold上发现共有158个片段（10 bp）与引物S1326＿10完全匹配，在47条Scaffold上共有172个位点片段（10碱基）与S1506＿10完全匹配。因此，本研究最终推荐ISSR13、S1326和S1506这3个PCR引物作为鉴别紫芝菌株的分子标记。