《表2 Atr ARF家族蛋白》

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《基于苋菜转录组的ARF基因家族鉴定及表达》

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基于转录组数据，经过4个蛋白数据库的注释，初步筛选得到了67个ARF家族的相关基因，进一步通过SMART分析和NCBI-Blastp比对，去除不含ARF家族特征的基因，最终得到29个ARF家族基因.为了方便研究，根据转录组编号顺序将其命名为Atr ARF1（CL10597.Contig1＿All）-Atr ARF29(Unigene9277＿All）（表2）.为了更好了解Atr ARF基因家族进化关系，对29个Atr ARF蛋白构建系统进化树（图1A）发现，有3对基因自展值为100，1对基因自展值为99，说明这4对Atr ARF基因序列非常相似，亲缘关系极近，这些基因可能存在冗余功能.为了深层次理解Atr ARF家族基因结构，对其进行SMART分析，发现Atr ARF1/2/3/5/6/9/11/28均同时含有B3 domain、Auxinresp domain以及AUX-IA A domain 3个结构域，占据整个ARF家族的27.6%；Atr ARF4/7/8/10/13/14/17/20/21/29含有B3 domain、Auxin-resp domain 2个结构域，占基因家族总数的34.5%；而Atr ARF15/19/22/23/25/26仅含有B3domain结构域，Atr ARF12仅含有Auxin-resp domain结构域，Atr ARF16/18/24/27仅含有AUX-IAA结构域.Atr ARF基因家族不同保守结构域见图1B.