《表3 两个绵羊杂交群体转录组序列》

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《基于RNA-seq技术挖掘杂交绵羊群体肌肉性状相关基因》

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对测序序列进行质控和过滤后，从STH×SFK群体和STH×MG群体的背最长肌组织中分别获得平均9 814 835 229和9 847 408 899个clean data。在对序列进行筛选后，在STH×SFK和STH×MG群体中，分别有65 581 840和65 731 717个序列被用于对比绵羊参考基因组（Oar＿v 4.0）（表3）。在STH×SFK绵羊群体中，共注释了20 759个基因，其中已知基因19 618个，新基因1 141个；在STH×MG群体中，共注释了22 556个基因，其中已知基因21108个，新基因1 448个。共鉴定出397个DEGs，包括283个上调DEGs和114个下调DEGs （图2）。这些DEGs是根据细胞组分、分子功能、生物过程3个GO类别进行注释。显著性分析显示46个GO项显著富集（P<0.05），分别包括21个细胞成分、45个分子功能和100个生物过程（图3）。对DEGs进行通路注释，结果显示共有26条通路存在显著差异（P<0.05，图4）。转录组分析结果显示两个杂交群体在基因水平存在显著差异，这些差异可能是造成了杂交绵羊表型差异的重要因素之一。