《表4 候选序列扩测条件优化》

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《苗药八爪金龙基原植物DNA条型码的筛选与鉴定》


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利用MEGA 7.0软件对PsbA-trnH序列比对分析,去重复序列发现,百两金的PsbA-trnH序列长度较朱砂根少56 bp (表4),分别为5'端缺少7 bp、248位点至293位点为空缺、3'端缺少4 bp。百两金PsbA-trnH序列(BL1~BL29)共29条,比对后长度为439 bp,共77个变异位点,其中序列信息位点有71个,GC含量为28.5%。朱砂根PsbA-trnH序列(ZS1,ZS2),比对后长度495 bp,共有2个变异位点,分别为174位点的胸腺嘧啶-鸟嘌呤(T-G)的变异、420位点腺嘌呤-胸腺嘧啶(A-T)的变异,GC含量为29.5%。红凉伞PsbA-trnH序列(HL1)无变异,GC含量为29.7%。若将百两金较朱砂根所缺少的位点作缺失处理,进行序列比对后,将两者信息位点相互比较,其中存在百两金特征信息位点,如392 bp处的A。但多数信息位点有交叉现象,如在297位点,朱砂根为G,百两金则有G、T;302 bp处,朱砂根为A,百两金则有A、T;396 bp处,朱砂根C,百两金则有C、T等。基于八爪金龙PsbA-trnH序列的NJ树结果(图3),红凉伞与朱砂根被聚成独立的支,百两金有与同属近缘类似品混聚。