《表1 玉米AMT基因及蛋白信息》

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《玉米自交系B73铵转运蛋白基因家族分析》

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首先利用Bio Edit软件建立玉米全蛋白序列数据的本地数据库；然后利用pfam数据库（http://pfam.janelia.org/search/sequence）中的隐马尔可夫模型（HMM）将其与拟南芥AMT结构域的氨基酸序列进行BLAST序列比对，初步筛选出候选基因序列；再进行Pfam分析验证其蛋白是否含有保守的AMT结构域，并去除不含有保守的AMT结构域的基因序列；最后利用Clustal W方法对候选AMT基因蛋白序列进行多序列比对，去掉候选基因中的重复序列，即得到预测的AMT基因。为确保预测结果准确性，本实验对每个蛋白基因的ORF序列在NCBI网站进行BLAST搜索及本地同源性分析，去除部分不可靠序列，预测出候选AMT基因，最终得到8个含有AMT结构的基因，各基因的位置将其分别命名为Zm AMT-1，Zm AMT-2，Zm AMT-3，Zm AMT-4，Zm AMT-5，Zm AMT-6，Zm AMT-7，Zm AMT-8。从获得的8个铵转运蛋白信息知，玉米自交系B73铵转运蛋白的氨基酸残基数目为460~500，等电点（PI）介于6.50~8.20，大多数接近中性或偏碱性。具体如表1所示。