《表3 基因座D6S474参考引物1和参考引物2所对应的核苷酸序列信息》

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《两种试剂盒中D5S2500和D6S474基因座分型不一致1例》

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在该案例中，使用Investigator HDplex试剂盒对被鉴定人进行STR分型，被控父和孩子的基因座D6S474分型均为13/14，而使用AGCU21+1试剂盒对被鉴定人进行STR分型，被控父和孩子的分型均为14/15，二者相差一个重复单位。此后，我们应用试剂盒HDplex和21+1对标准品DNA 9947A进行检测，分型结果分别是13/17（HDplex试剂盒）和14/18（21+1试剂盒）。赖力等人认为是不同试剂商对基因座D6S474引物设计上的差异导致等位基因分型结果不一致[5]，但笔者认为该解释仍具有局限性。有文献记载，基因座D6S474的参考引物（参考引物1）上游是:5′-TGTACAAAAGCCTATTTAGTCAGG-3′，下游是:5′-TCATGTGAGCCAATTCCTCT-3′，核心重复序列是（TAGA）nTGA（TAGA）m[6，7]。该参考引物序列与NCBI数据库中参考引物序列相同，其在GeneBank中的Access号为G08540。但也有文献记载基因座D6S474参考引物（参考引物2）上游是:5′-GGTTTTCCAAGAGATAGACCAATTA-3′，下游是:5′-GTCCTCTCATAAATCCCTACTCATA TC-3′，核心重复序列是（AGAT）n（GATA）m[2]。对这两对参考引物进行特异性检验发现:两对引物均能扩增出基因座D6S474的核苷酸序列信息（表3）。根据我们的TA克隆测序结果可知，当重复序列结构为（TAGA）nTGA（TAGA）m时，被控父和孩子的基因分型均为13/14；当重复序列结构为（AGAT n (GATA）m时，被控父和孩子的基因分型均为14/15。因此，导致HDplex和21+1试剂盒对基因座D6S474分型结果相差一个重复单位的原因可能是:Investigator HDplex和AGCU 21+1试剂盒等位基因分型标准物的panel/bin所参考的核心序列不一致，当对样本DNA的毛细管电泳数据进行统计分析时便会引起基因分型结果间的差异。