《表1 藻类的分类及其特征》

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《真核藻类基因组研究进展》

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由于藻类为多源起源，不同藻类类群之间存在不同的祖先，藻类的遗传与进化更为复杂，藻类特殊的进化地位与系统学研究一直是生物学研究的热点。由于藻类没有根茎叶等器官的分化，基于传统的形态学分类较为困难，加之藻类物种数量庞大，目前可利用的分子数据较少。藻类分类中的分子数据主要作为辅助依据，其分类主要还是根据原核与真核、形态结构、细胞色素组成、贮藏物质、细胞表面覆盖物、鞭毛数量与特征和生殖方式等将藻类划分为不同的类群（表1）。