《表4 三叉苦转录组unigenes SSRs分析》

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《基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析》

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利用MISA脚本对拼接得到unigenes进行SSRs位点检测。结果显示共检测到7 748个SSRs位点，6 281条unigenes含有SSRs位点（表4）。其中三核苷酸重复SSRs数量最丰富，有4 117个，占比53.1%；其次是二核苷酸重复SSRs数量为2 635个，占比34.0%；四核苷酸和六核苷酸重复分别为562、261个，各占7.3%、3.4%；五核苷酸重复相对较少，仅占2.2%。此外，还发现SSRs重复单元数量也存在一定变化，其中重复5、6次的比例最高，重复4、7、8次的次之。将检测到的SSRs按照短串联重复单元的类型分类（图7），三核苷酸重复中，AAG/CTT类型的比例最高，在二核苷酸重复中，AG/CT重复类型数量最多。