《表1 溪黄草转录组测序的结果》

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《溪黄草转录组测序及生物信息学分析》

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溪黄草cDNA文库的构建由生工生物工程（上海）股份有限公司完成。应用Illumina Hiseq 2500测序平台测序，共获得61 944 850条raw reads，总碱基数为9 291 727 500 bp。使用Trimmomatic对原始测序数据进行处理，去掉含有带接头、低质量的序列，共得到60 234 786clean reads，总碱基数目为8 704 764 735 bp，GC含量为51.21%，Q30 bases ratio达到95.64%，表明文库构件质量良好，测序得到的数据准确可靠。使用Trinity将clean reads进行de novo组装成转录本，共得到86 204条转录本，平均长度为1 251.93 bp，N50为1 894 bp，序列长度大于500 bp的有59 403条，占总序列数目的68.91%。见表1。对Trinity拼装得到的转录本去冗余，共获得37 418条unigene，平均长度为1 054.1 bp，N50为1 840 bp，其中20 426条序列长度大于500 bp，占总序列数目的54.59%，序列长度在1 000 bp以上的有14 226条，占总数的38.02%见。见表1、图1。