《表2 白切鸡微生物菌群Alpha多样性分析》

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《高通量测序分析白切鸡菌群多样性》

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根据97%相似性水平下的OTU信息，采用Alpha多样性指标的Chao1、Shannon及Simpson指数对样品微生物物种丰富度和均匀度进行评估[18]。群落丰富度用Chao1指数描述，其值越高表明群落物种的丰富度越高，而Shannon指数和Simpson指数可以反映样品的群落多样性程度，Shannon指数越高、Simpson指数越低，表明群落物种的多样性越高。由表2可以看出，所有样品的OTU覆盖率（Coverage指数）都达99.9%以上，说明本次实验所建立的文库可以比较真实、有效地反映样本微生物的多样性。从所有样本测序结果抽取的OTU数量中，最多的为195，最少的为105，样品包装处理后得到的OTU数量较正常组样本减少，说明包装处理能有效降低样本中的微生物种类。但所有样本之间的细菌菌群多样性较为相似，OTU数量相差不大。其中，正常组样本Chao1指数均大于其他样本，说明正常组样本的菌群丰度最高，而4℃-AP-2样本的丰度最低；正常组样本Shannon指数高于其他样本，且Simpson指数低于其他样本，说明其菌群多样性最高。Shannon-Wiener曲线[19]可以反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性，当曲线趋向平坦时，说明测序数据量足够大，可以反映样品中绝大多数的微生物信息。本实验所有样本的曲线都随着横坐标的延长而逐渐稳定，说明测序数据量合理，所含菌种数较多。