《表1 不同限制性内切酶在籼稻和粳稻参考基因组中的电子模拟》

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《基于限制性内切酶简化基因组测序的两种主要技术》

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注:W:A/T

由于简化基因组测序是对相关酶切位点产生的Tag进行测序。因此，通常根据限制性内切酶在基因组中的多态性高低、限制性内切酶的甲基化敏感性程度及高低频酶组合来选择酶，这是简化基因组测序的关键，在限制性内切酶选择时可以参考NEB官方的REBASE数据库（http://rebase.neb.com/rebase/rebadvsearch.html）。通常利用电子模拟酶切的方法，然后通过酶切数目在样本基因组中的分布频率进行筛选。对于已经有参考序列的样本，利用参考基因组模拟酶切，对没有参考序列的样本，通过近缘物种的参考序列模拟酶切。选取几种酶利用Restriction Digest软件（https://github.com/JINPENG-WANG/RestrictionDigest）Z在籼稻（‘9311’参考基因组）和粳稻（‘日本晴’参考基因组）基因组中电子模拟酶切的结果（表1），Restriction Digest软件使用方法参考（http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S07173458-1630001X）。选择使用单酶切或双酶切应根据研究目的需要决定，如使用双酶切（高频内切酶+低频内切酶）消化样本基因组，有下面几种酶切片段：（1）片段两端均为高频限制性内切酶的粘性末端；（2）片段两端均为低频限制性内切酶的粘性末端；（3）片段两端分别为高频限制性内切酶的粘性末端和低频限制性内切酶的粘性末端。酶的决定通常根据物种倍性、基因组大小、tags在每条染色体上的均匀分布等特性决定，通常选测序的tags数（300～500 bp区间）在10万个左右的酶。