《表2 半枫荷重复基元分布和优势碱基组成》

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《濒危珍稀植物半枫荷转录组中SSR位点分析》

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注:只列出主要重复基元；*:不同核苷酸重复类型的全部SSR数量和比例

在半枫荷转录组的77 629条Unigene基因序列（总碱基数为48 512 368）中，应用MISA软件进行SSR搜索，获得15 041个SSRs分布在10 669条Unigenes中，发生频率为13.74%，平均3.2 kb含有一个SSRs位点，出现频率为19.38%。其中仅含一个SSR位点的序列数为7 555，含多个位点的序列数为3 114，以复合形式出现的位点数为2 044（表1）。半枫荷转录组SSR重复类型较多，以重复4～10次的序列出现频率最高，为9 096（60.47%）个，其次为11～15次和16～20次重复序列，分别为4 235（28.16%）、1 162（7.73%）个，大于等于21次重复序列最少，仅有548（3.64%）个（表2）。从出现频率来看，二碱基重复和单碱基重复基元出现频率最高，其中二碱基重复基元是优势重复类型，为6 343（42.17%）个，其次为单碱基重复基元占总SSR的38.25%。