《表4 半枫荷SSR引物序列》

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《濒危珍稀植物半枫荷转录组中SSR位点分析》

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为更好地应用半枫荷EST-SSR位点，本研究应用Primer 3.0软件成功设计出SSR设计28 590对引物，设计失败的EST-SSR引物有3 467对，成功率为73.32%。其中针对20 bp以上且包含低级基序（单核苷酸，二核苷酸，三核苷酸重复）的SSR序列共设计出2 702对引物。为检测新发掘的半枫荷SSR位点特异引物的可靠性，挑选重复单元较多、引物长度适中、退火温度适中（相互接近）及预计产物长度较大的50对引物，合成后对4个不同地区的半枫荷DNA进行PCR扩增（表4），聚丙烯酰胺凝胶电泳结果显示，44对引物在半枫荷中成功扩增，引物扩增率为88%。其中39对PCR扩增产物与预期大小吻合，5对引物扩增产物长度超过预期，说明本研究所设计的大部分引物真实可靠。