《表1 引物列表:文心兰NPR1基因的克隆与诱导抗性过程中的表达分析》
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《文心兰NPR1基因的克隆与诱导抗性过程中的表达分析》
利用pfam(pfam.xfam.org)下载NPR1/NIM1 like defence protein C terminal种子文件(PF12313),于转录组数据(PRJNA428913)进行隐马克夫模型(Hidden Markov models,HMMs)搜索,并利用所得到片段进行RACE扩增全长,设计开放阅读框(Open reading frame,ORF)的引物进行全长验证,所用引物见表1。RACE及ORF扩增使用2×Taq PCR Mastermix(天根,KT201),参照说明书及引物温度进行PCR反应,阳性条带回收TA克隆后转化大肠杆菌,送博尚基因测序。利用DNAMAN 6.0进行蛋白序列预测,NCBI BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)进行核酸及蛋白序列比对。利用NCBI CD-search(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)进行保守结构域分析。利用SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)进行信号肽分析。利用PSORT(https://psort.hgc.jp/)进行亚细胞定位预测。
图表编号 | XD00152209900 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.02.01 |
作者 | 郑世仲、王培育、张春柳、江胜滔、江金兰、颜沛沛、叶炜、赖钟雄 |
绘制单位 | 宁德师范学院生命科学学院、福建省三明市农业科学研究院、福建省宁德市农业局、宁德师范学院生命科学学院、福建省三明市农业科学研究院、福建省三明市农业科学研究院、福建省三明市农业科学研究院、福建农林大学园艺植物生物工程研究所 |
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