《表1 差异表达基因：影响前列腺癌风险的关键基因识别》

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《影响前列腺癌风险的关键基因识别》

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基因表达箱式图，见图2，可见基因表达数据较为整齐，可以进行Limma分析；MDS图（图3）显示在前两个维度构成的坐标系中，所有样本相似度良好；所有基因的估计离散值（图4），包括经验贝叶斯稳健离散值（Tagwise）、经验贝叶斯稳健离散值的均值（Common）和经验贝叶斯稳健离散值的拟合值（Trended），曲线显示样本之间的差异较小。Limma筛选出30个差异表达基因，其中上调基因6个，下调基因24个（表1）。绘制上述差异表达基因的火山图（图5）。使用gplots软件包绘制热图（图6），横坐标为样本编号，纵坐标为基因种类，并对样本和基因双向聚类，展示表达差异分析结果。从图6左侧系统聚类树状图可见，30个表达差异基因恰好将519个样本分为两类；上调的基因显示为黄色，下调的基因显示为红色，6个上调基因：KRTAP5-AS1，LOC100128842，SKA3，HPN-AS1，SLC44A5和LRRC31表达情况明显异于其他基因，与差异表达分析得出的结果相符。