《表2 rab7预测靶向序列的相关信息》

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《dCas9-gRNA在卡介苗侵染小鼠巨噬细胞过程中对rab7的调控作用》


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注解:(1)E:有效性评分;(2)NGG错配评分:0mismatch,1mismatch,2mismatches,3mismatches。

rab7 mRNA共2 173 bp(GenBank NM_009005),包含10个外显子。利用在线gCRISPR-ERA设计靶向配对区。根据评分筛选出3条靶向序列(gRNA1、gRNA2、gRNA3),均位于第3外显子,gRNA序列正义链5’端加上BbsⅠ酶切识位点-cacc,反义链5’端加上-aaac。由于rab7-gRNA2存在3个碱基错配的风险,且gRNA3靶向位点距转录起始点(TSS)更近,且gRNA2与gRNA3存在位置接续的关系,故最后选择错配风险较小的gRNA1和gRNA3进行后续实验,见表2。