《表2 候选家蚕环形RNA的高通量测序序列匹配数和SRPBM值1) Table 2 High-throughput sequencing sequence alignment and SRPBM va
1) SRPBM代表每106个匹配的序列中来自于某基因1 kb长度的序列数量(条)。1) SRPBM indicates the number of sequences per 1 kb of length of a gene for every 106matched sequences(reads).
在高通量测序文库构建之前,经过去除rRNA步骤和RNase R去除线性RNA步骤,所以文库中只保留环形RNA。通常SRPBM的数值越高,代表序列的拼接度越高,序列的可信度越高[33]。根据以上条件,我们筛选高SRPBM值的序列作为候选环形RNA有两大优势:一是候选环形RNA的可信度高;二是候选的环形RNA拷贝数量高,容易在实验中检验。我们筛选出在预测软件Find_circ中SRPBM值位列前20的序列作为候选环形RNA,利用NCBI找到了各环形RNA的亲本基因,结果见表2。这些序列的SRPBM值高,所以一般包含3种特性,即覆盖率高、可信度高和拷贝数量高,是理想的候选序列。
图表编号 | XD0013434500 严禁用于非法目的 |
---|---|
绘制时间 | 2018.04.01 |
作者 | 周怀香、斯洪强、朱兵、吕正兵、盛清、聂作明 |
绘制单位 | 浙江理工大学生命科学学院、浙江理工大学生命科学学院、浙江理工大学生命科学学院、浙江理工大学生命科学学院、浙江省家蚕生物反应器和生物医药重点实验室、浙江理工大学生命科学学院、浙江省家蚕生物反应器和生物医药重点实验室、浙江理工大学生命科学学院、浙江省家蚕生物反应器和生物医药重点实验室 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |