《表2 候选家蚕环形RNA的高通量测序序列匹配数和SRPBM值1) Table 2 High-throughput sequencing sequence alignment and SRPBM va

《表2 候选家蚕环形RNA的高通量测序序列匹配数和SRPBM值1) Table 2 High-throughput sequencing sequence alignment and SRPBM va   提示:宽带有限、当前游客访问压缩模式
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《家蚕环形RNA的预测与鉴定》


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1) SRPBM代表每106个匹配的序列中来自于某基因1 kb长度的序列数量(条)。1) SRPBM indicates the number of sequences per 1 kb of length of a gene for every 106matched sequences(reads).

在高通量测序文库构建之前,经过去除rRNA步骤和RNase R去除线性RNA步骤,所以文库中只保留环形RNA。通常SRPBM的数值越高,代表序列的拼接度越高,序列的可信度越高[33]。根据以上条件,我们筛选高SRPBM值的序列作为候选环形RNA有两大优势:一是候选环形RNA的可信度高;二是候选的环形RNA拷贝数量高,容易在实验中检验。我们筛选出在预测软件Find_circ中SRPBM值位列前20的序列作为候选环形RNA,利用NCBI找到了各环形RNA的亲本基因,结果见表2。这些序列的SRPBM值高,所以一般包含3种特性,即覆盖率高、可信度高和拷贝数量高,是理想的候选序列。