《表4 瘤胃细菌高通量测序质量控制与样品多样性指数Table 4 Rum en bacteria high-throughput sequencing quality control and dive

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《不同生理阶段荷斯坦奶牛瘤胃细菌多样性研究》

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测序数据经过质量控制后，各组瘤胃细菌的Clean reads数目、OTU数目以及物种多样性指数见表4。本试验从16个样本中共得到871 196条高质量的细菌16S rRNA基因序列，每个样本的平均Clean reads数目为54 450，各组间无显著差异（P>0.05）。平均OTU数目为1 039，其中Ⅰ组OTU数目显著高于Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组（P<0.05），Ⅱ组显著高于Ⅲ、Ⅳ组（P<0.05），Ⅲ、Ⅳ组之间无显著差异（P>0.05）。本试验各组测序覆盖度均达到了0.99，满足后续分析要求。Ⅰ组Ace指数与Chao1指数显著高于Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组（P<0.05），Ⅱ组显著高于Ⅲ、Ⅳ组（P<0.05），Ⅲ组又显著高于Ⅳ组（P<0.05）。各组香农指数的变化规律与OTU数目的结果相一致，即Ⅰ组显著高于Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组（P<0.05），Ⅱ组又显著高于Ⅲ、Ⅳ组（P<0.05），而Ⅲ、Ⅳ组之间无显著差异（P>0.05）。Ⅰ组辛普森指数显著低于Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组（P<0.05），Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组之间无显著差异（P>0.05）。