《表4 GX01-2018株与APPV代表株核苷酸及氨基酸序列的同源性分析》

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《猪非典型瘟病毒GX01-2018株全基因组分子特征的分析》

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GX01-2018株基因组全长为11 565 bp，包含5′UTR、ORF和3′UTR，其中ORF长度为10 908 bp，编码3 635个氨基酸。ORF编码蛋白由Npro、C、Erns、E1、E2、P7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A、NS5B组成（表3）。同源性分析表明，GX01-2018株与国内代表毒株广西GX-CH＿2016株、江西JX-JM01-2018A01株、广东China/GD-SD/2016株、广东GD株核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为98.2%和99.1%、92.9%和96.8%、83.4%和91.9%、90.8%和95.3%；GX01-2018株与国外代表毒株美国000515株、德国Bavaria＿S5/9株、奥地利AUT-2016＿C株、荷兰NL1株核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为87.8%和94.2%、90.7%和95.7%、90.5%和95.5%、90.7%和95.7%（表4）。在结构蛋白中，Npro、Erns、E2蛋白变异较大，并且E2蛋白是APPV主要的保护性抗原蛋白，Erns和E2两种囊膜糖蛋白能够诱导机体产生中和抗体，因此成为研究的重点。本研究中，上述国内外代表毒株间Npro、Erns、E2基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为79.1%～97.2%和82.2%～97.8%、83.0%～98.4%和90%～99%、83.1%～96.8%和91.1%～96.2%。结果表明，当前APPV流行毒株出现了较大的遗传变异（表4）。