《表1 NtARF家族蛋白的识别》

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《基于转录组的‘黄花2号’水仙ARF基因家族分析》

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基于转录组数据，经过4个蛋白数据库的注释，初步筛选得到了45个ARF家族的相关基因，进一步通过NCBI Blastp比对和SMART分析，最终得到21个ARF家族基因（表1），根据转录组编号的顺序将其命名为NtAR F1（Cluster-28036.105409）-NtARF21（Cluster-40306.3），其中有12个为全长基因.为了更好地了解多花水仙ARF家族进化关系，将21个ARF家族蛋白构建系统进化树（图2A），21个NtARF基因形成5个旁系同源基因对，其中有4对基因自展值（Bootstrap values）为100，表明这4对NtARF基因的亲缘关系非常近，基因序列非常相似，这些基因可能存在冗余功能.为进一步分析NtARF家族的基因结构，进行SMART分析（图2B）发现，NtARF家族蛋白结构域均含有B3 domain，除了NtAR12和NtARF13外，其他均含有B3 domain和Auxin-resp domain两个结构域，其中NtARF2、NtARF8、NtARF9、NtARF10、NtARF15、NtARF17和NtARF21均含有B3 domain、Auxinresp domain和AUX-IAA domain3个结构域，占整个NtARF家族的33.3%（表1），NtARF家族蛋白除NtARF3（非全长）和NtARF12（61个氨基酸）外的B3 domain均由102个氨基酸组成，NtARF的Auxin-resp domain由79个氨基酸（NtARF2）、82个氨基酸（NtARF3、NtARF4、NtARF5、NtARF7、NtARF8、NtA R F10、NtA R F15、NtA R F16和NtA R F18）和83个氨基酸（Nt ARF1、Nt ARF6、Nt ARF9、Nt ARF11、Nt ARF14、NtARF17、NtARF19、NtARF20和NtARF21）组成，而NtARF蛋白含有AUX-IAA的氨基酸数目差别较大.