《表1 柑橘亲环蛋白基因家族的基本信息》

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《柑橘亲环蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析》

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为了鉴定美国柑橘和中国甜橙的亲环蛋白基因家族成员，利用hmmsearch分别筛选出32个和30个CYP基因，同时用Blastp分别筛选出25个和26个CYP基因，最后将两种预筛选的结果用SMART和PFam数据库验证，共得到32个和30个蛋白的基因，根据结构域的不同，将62个亲环蛋白基因分成7个亚家族，其中只含有肽酰脯氨酸顺式反式异构酶（CLD）结构域的CYP基因，也称作单结构域基因（SD），共有51个，剩余的11个包含多个结构域的基因称作多结构域基因（MD），其中含有CLD，RNA识别基序（RRM）和锌指蛋白（Znf）结构域的基因有2个，含有CLD和RRM的基因有1个，含有CLD和DNA切除修复蛋白（ERCC）的基因有2个，含有CLD和环指蛋白（Ubox）的基因有2个，含有CLD和β-转导蛋白重复序列（WD）的基因有2个，含有CLD，蛋白酶亚基（PINT），跨膜结构域（TM）和乙苯脱氢酶（EB＿dh）的基因有2个（图1）。理化性质分析表明，预测的蛋白质的长度范围为50～1 220 bp，预测到的转录组的长度范围为151～3 663 bp，亚细胞定位共在7种细胞器中，其中，2个、9个、4个、2个、22个、3个和20个CYP基因分别定位在内质网（Endoplasmic reticulum）、细胞核（Nuclear）、叶泡（Vacuolar）、分泌途径（Secretorypathway）、细胞质基质（Cytoplasmic）、线粒体基质（Mitochondrial matrix）、叶绿体（Chloroplast），表明柑橘CYP基因广泛分布在叶绿体和细胞质基质中。蛋白质分子量的范围为5 540～136 839 kD，等电点的范围为4.87～11.55，疏水性的范围为-1.464～0.154，内含子的范围为0～16，每个基因平均含有6.37个内含子，外显子的范围为1～17，每个基因平均含有6.96个外显子。启动子顺式作用元件分析表明，62个CYP基因共有27种顺式元件表达，其中表达量较多的为34个茉莉酸响应元件，35个脱落酸响应元件和50个光响应元件（表1）。