《表3 菌株YAUN-3 iTRAQ/TMT标记样品中鉴定蛋白的亚细胞定位分布与全基因组预测蛋白的比较》

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（3） 定位至细胞膜与细胞外的蛋白比例减少，即膜蛋白与细胞表面蛋白比例减少（表3）。由于膜蛋白与细胞表面蛋白存在跨膜疏水结构域，胰蛋白酶很难对跨膜疏水结构域进行有效酶切，使得膜蛋白与细胞外蛋白在酶切后的肽段长度过大，降低了iTRAQ/TMT的标记效率[35]。另外，膜蛋白与细胞表面蛋白固有的疏水特性造成这部分蛋白在总蛋白提取的沉淀步骤中也容易损失[36]。这些都是导致i TRAQ/TMT标记样品中鉴定到的膜蛋白与细胞表面蛋白比例减少的原因。