《表2 疏水性基团CH3― (CH2) 2―CO―的电荷》

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《亮氨酸拉链型脂肽对脂质体温敏性调节的分子模拟》

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因为b3lyp/6-31g（d）是利用电子密度取代波函数作为描述体系能量的变量，所优化得到的分子构型更接近于其在真实水溶液中的构型，所以我们先使用b3lyp/6-31g（d）基组对分子结构进行优化。然后再在HF/6-31g（d）下计算得到了分子的表面静电势，HF/6-31g（d）方法计算分子表面静电势是其在真空状态下的静电势，进而拟合出其在真空状态下的点电荷。在随后的全原子分子模拟过程中，无论是利用隐式水模型还是显式水模型，水对电荷相互作用的影响都已经考虑进去。最后通过两步法（RESP）13–15得到了各原子的电荷，见表2，具体细节可以参考我们的前期工作12。